Ma purtroppo, "dopo la morte di Teresa, si scatenò una lotta sorda e sempre più drammatica tra i fautori della linea teresiana umanistica, aperta alle missioni, sostenuta da Giovanni della Croce, Girolamo Gracián, Anna di Gesù (Lobera), Maria di San Giuseppe (Salazar) e diversi altri e una linea penitenziale-eremitica che vedeva tra i suoi campioni [...] Nicola Doria e Ambrogio Mariano Azaro" (dal sito della Postulazione dell'Ordine).
La seconda linea, che prevalse nel Carmelo riformato subito dopo la morte di Teresa, fu la medesima che comportò l'emarginazione di S. Giovanni della Croce (esautorato e messo in penitenza dopo aver difeso Gracián e le istanze delle monache al capitolo di Madrid del 1591) e l'espulsione di P. Girolamo, il quale sarebbe riuscito a rientrare fra i carmelitani (ma dell'Antica Osservanza) soltanto dopo diversi anni di asprissime peripezie e tribolazioni in cui rasentò il martirio: fu prigioniero a Tunisi per due anni, catturato da pirati nordafricani. Secondo le parole di P. Diego Evangelista, fedelissimo del Doria nonché calunniatore di S. Giovanni della Croce, un'identica espulsione sarebbe indubbiamente toccata anche a quest'ultimo se non fosse morto prematuramente nel 1592.
P. Girolamo invece, dopo aver dato alle stampe molte opere di mistica e ascetica e aver curato la pubblicazione di quelle della Santa Madre, morì a Bruxelles nel 1614. Proprio in questa città, pochi anni fa, nel convento della Provincia veneta è stato onorato il quarto centenario della sua morte con una celebrazione congiunta di padri carmelitani scalzi e dell'Antica Osservanza, suggellata da una targa commemorativa presente nella nostra Chiesa e da una lettera circolare dei Superiori Generali dei due Ordini: prezioso documento con cui è possibile riprendere consapevolezza della vita, dell'opera e dell'attualità del messaggio di questo padre che visse santamente incredibili persecuzioni - considerando sempre i suoi avversari "come immagine di Cristo" - e nel quale, come mai in nessun altro a detta della Santa Madre, Dio riunì "tanta perfezione con tanta dolcezza [...] Io non rinunzierei per nessuna cosa al mondo alla gioia di averlo visto e trattato così a lungo" (Lettera a M. Isabella di S. Domenico del 12 maggio 1575).
Come sovente avviene nelle cause dei santi, anche per il Servo di Dio P. Girolamo dopo un lungo oblio giunge finalmente il tempo della riabilitazione. La sua iniqua sentenza di espulsione è stata revocata dal Definitorio generale del nostro Ordine nel 1999 (qui il testo originale in spagnolo della dichiarazione, recentemente messo online sul sito dell'Achivio Generale dell'Ordine) e contestualmente è stata introdotta la causa di beatificazione dalla Postulazione Generale. Seguendo il suo iter, dal 2005 tale causa è passata di competenza alla Sacra Congregazione delle Cause dei Santi.
